El Viejo San Juan ocupa la orilla occidental de una isleta rocosa en la boca de la Bahía de San Juan. Durante el siglo XX, los centros de población principal surgieron más allá de las paredes de la vieja ciudad y en la isla principal, y se unieron con los ya existentes grupos al sur y al este de el Viejo San Juan. Como resultado, la ciudad ahora esta compuesta de una variedad de vecindarios o barrios.
